Останнє замовлення починається, коли нанотехнологія Desty Nova відроджує Аліту в плавучому місті Тіфарес. Чорні таємниці міста розкриваються злісно, але це, здається, невелика частина світу, який є складним. Вирушаючи у космос зі старими та новими компаніями, щоб дізнатись більше про її забуте минуле, а також шукати свого загубленого приятеля Лу Коллінза, Аліта потрапляє в міжпланетну битву між головними силами Сонячної системи, яка була колонізована. По дорозі вона укладає союз з трьома репліками Аліти, які зараз почали вірити собі, неприємним суперхакером та самою Новою, коли вона вступає в турнір "Зеніт речей" (ZOTT), який проводиться кожні 10 років. Включаючи те, яким чином Земля з’явилася внаслідок катаклізмічної зими, яка знищила більшість публіки протягом усього періоду розповіді, показано більше історії щодо обстановки Бойового ангела Аліти, яка не була розкрита в попередній серії.
