Брати виконують заборонену алхімічну техніку трансмутації людини, намагаючись відродити її, коли Тріша помирає від чуми. Як результат, трансмутація має зворотний ефект, і за законом при однаковому обміні ліва нога і все тіло Альфонса Едварда зруйновані. Едвард втрачає праву руку, щоб врятувати душу Альфонса, пов’язуючи її з кров’яною печаткою в обладунок. Рой Мустанг запрошує Едварда стати методом відновлення тіла Альфонса, який буде досліджений державним алхіміком. Едвард торжествує, ставши ім'ям відповідно до його протезуючих кінцівок, "Повний металевий алхімік".
Через три роки Елрікс шукає легендарний Філософський камінь для реалізації своїх цілей. Марко надсилає свої записки, щоб вони були знайдені ними, однак вони дізнаються, що найважливішим фактором, щоб справді зробити камінь, є людські жертви. Приятель Мустанга, Мейс Хюз, продовжує свої дослідження, але застрелений із замаскованою Заздрістю за пошук стратегій Гомункулі.
Побачившись із Ізумі, Елріки дізналися, що трансмутація людини була здійснена нею над її мертвонародженою дитиною. Жадібний гомункулус Жадібність захоплює Альфонса, але його врятує президент Аместріс, король Бредлі, який, як показано, функціонує як гомункулус Гнів. Таким чином, жадібність розтоплюється і вбирається всередину батька Гомункулів. Вінрі та Елрікс повертаються до Центрального міста, щоб поїхати до Хьюза, але дізнаються про його загибель. Лейтенант Марія Росс оформлена за вбивство Хьюза, але, очевидно, вбита Мустангом. Проте Едвард дізнається, що від'їзд Росса був інсценізований, щоб її змог переправити Мустанг із США до Сина, за допомогою якого принц Синґесів Лінг Яо. Гогенгейм возз'єднався з Едвардом, але зневажає його за тривалу відсутність у помешканні.
У міру розвитку розповіді дійові особи неодноразово стикаються з Гомункулі. Мустанг вбиває похоть; Мустанг і Лінг захоплюють Обжерливість, однак він у підсумку поглинає Заздрість до нуля та Едварда, схожий на Лінг. Обжерливість веде Альфонса на зустріч з Батьком, але Лінг перетворюється праворуч на гомункула, зокрема найновішого аватара Жадібності, коли інші втікають з живота Обжерливості. Елріки звільняються, щоб продовжувати їх переслідування за умови, що батько їм не противиться.
Розташовуючи підземний тунель під Бриггсом, генерал Олів'є Армстронг знайшов Батька і Елрікса і створив національну групу для трансмутації і має намір дати своїм громадянам, щоб він міг піднятися до божества. Жадібність одужує, видає батька та спогади його попереднього Я, об'єднуючись з після, та Едвардом, прислужниками химери Кімблі Хогенхайм. Гогенгейм відкриває своїм синам окремо, що він не смертний, перетворений батьком прямо в живий Філософський камінь чотириста років тому.
День обіцянки наступає, і Батько готується розпочати свою стратегію, маючи затемнення, і тих, хто намагався перетворити людину на необхідні жертви. Різні дійові особи конфліктують з прислужниками Батька, і всі Гомункулі закінчуються. Слідом за вимушеним Мустангом, а також Елріками, Ідзумі, Гогенгейм збираються, оскільки причини тато активізує національну трансмутацію. Тим не менше, Шрам і Гогенгейм активізують Аметріян для порятунку контрзаходами. Батько знищує жадібність, хоча тато стикається з землею, де головні герої борються з ним, щоб зносити свій Філософський камінь.
Альфонс, броня якого майже зруйнована внаслідок останнього конфлікту проти Батька, дає своєму духу відновити праву руку, а той, у свою чергу, руйнує Камінь Отця, відсилаючи його назад до ефірних Воріт Істини Едварда. Едвард втрачає свою силу робити алхімію, щоб відновити душу і тіло Альфонса. Гогенгейм бачить могилу, де він помирає, посміхаючись Тріші.
