Середня школа мертвих відбувається в сучасній Японії, починаючи з того, що планету вражає фатальна пандемія, яка перетворює людей на зомбі, евфемістично називаються від первинних персонажів як "Їх" ("Яцура").
Сюжет прослідковується за деякими старшокласниками (а також медсестрами), коли вони справляються із катастрофічною подією у всьому світі під назвою "Спалах". Їм також доводиться протистояти подальшим ризикам соціального падіння у вигляді небезпечних тих, хто вижив, та потенційного розкладання їхніх моральних кодексів, оскільки акторський склад намагається пережити зомбі-апокаліпсис. Починаючи з ГШ, учні біжать у місто там, де їм доводиться справлятися з його учнями та заплямованим учителем. Вони отримують собаку, а також маленьку дівчинку, і оцінюють, чи вижили в їх будинках. Згодом вони нарешті пробираються до початкової школи, яка нібито є захищеною зоною, проходять через поліцейський відділок і останньою в торговому центрі.
